Neben einer Neugliederung der Richtlinien, die deren Nummerierung den Paragraphen des Einkommensteuergesetzes anpasst, und der bereits geschilderten Neufassung des Reisekostenrechts enthalten die Lohnsteuerrichtlinien 2008 noch diese Änderungen:
Die Vereinfachungsregelung zu Zinsersparnissen bei Arbeitgeberdarlehen einschließlich der Nichtaufgriffsgrenze (2.600 Euro) entfällt. Der Bundesfinanzhof hatte den typisierenden Zinssatz von 5 % verworfen, unterhalb dessen nach den bisherigen Vorschriften generell ein geldwerter Vorteil vorliegen sollte. Maßstab ist jetzt generell der Marktzins für ein vergleichbares Darlehen, den der Arbeitgeber im Einzelfall ermitteln muss. Dazu kann er laut Bundesfinanzministerium die von der Deutschen Bundesbank veröffentlichten Effektivzinssätze verwenden.
Für die Firmenwagengestellung erfolgt eine Klarstellung bei Anwendung der Fahrtenbuchmethode: Bei der Ermittlung der Gesamtkosten sind auch die von einem Dritten (verbundenes Unternehmen etc.) getragenen Kosten einzubeziehen. Nur die Kosten, die der Arbeitnehmer selbst trägt, bleiben außer Ansatz.
Zusätzlich zum Arbeitslohn erbrachte Leistungen des Arbeitgebers zur Unterbringung und Betreuung von nicht schulpflichtigen Kindern bleiben steuerfrei. Voraussetzung ist allerdings, dass die Leistung nicht aus einer Entgeltumwandlung resultiert und nur für diesen Zweck gewährt wird.
Bei der Pauschalbesteuerung von geringfügig Beschäftigten ist die Bemessungsgrundlage nicht der steuerpflichtige Arbeitslohn, sondern ausschließlich das sozialversicherungsrechtliche Arbeitsentgelt - unabhängig davon, ob das Arbeitsentgelt steuerpflichtig oder steuerfrei ist. Für andere Lohnbestandteile ist die Lohnsteuerpauschalierung nicht zulässig.
Die Rundungsregelung bei der Berechnung eines durchschnittlichen Steuersatzes für die Pauschalbesteuerung wurde wieder aufgenommen. Der Durchschnittsbetrag ist demnach auf den nächsten durch 216 ohne Rest teilbaren Eurobetrag aufzurunden.
Vom Arbeitgeber verbilligt überlassene Vermögensbeteiligungen sind bis zu 135 Euro pro Jahr steuerfrei. Es kommt für die Steuerfreiheit nicht darauf an, ob die Vermögensbeteiligungen zusätzlich zum ohnehin geschuldeten Arbeitslohn oder aufgrund einer Entgeltumwandlung überlassen werden.
Beihilfen und Unterstützungen, die der Arbeitgeber wegen Hilfsbedürftigkeit gewährt, sind bis zu einer Höhe von 600 Euro je Kalenderjahr steuerfrei. Darüber hinaus ist der Betrag nur steuerfrei, wenn er aus Anlass eines besonderen Notfalls gewährt wird. Es wurde jetzt klargestellt, dass eine drohende oder bereits eingetretene Arbeitslosigkeit allein noch keinen besonderen Notfall darstellt.
Weitere Änderungen betreffen Anpassungen an das neue Einkommensteuergesetz, zum Beispiel die gekürzte Entfernungspauschale oder die Streichung der Steuerfreiheit für Abfindungen und Übergangsgelder.